С каким расширением файлы нужно восстановить?
Была подобная ситуация, необходимо было восстановить базы 1с.
Вышли из положения следующим способом, зашифрованной базе присваиваем нужное расширение. И конфигуратором открываем базу.
Вирус добавляет в код свой код в неизвестных строках. Руками базу восстанавливаем и радуемся жизни. Максимум потеряется пару документов.